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2013年，國家禽流感參考實驗室被認定為聯合國糧農組織動物流感參考中心（FAO Reference Centre for Animal Influenza）。

實驗室嚴格履行FAO參考實驗室職責，承擔中國及相關成員國動物流感（主要為禽流感、豬流感）流行病學監(jiān)測、分析評估、診斷技術與疫苗研發(fā)、疫情確診、防控建議提出、信息交流和國際技術援助等工作。

實驗室積極參與FAO相關的國際及國內事務，充分發(fā)揮了FAO參考實驗室的積極作用，自主研發(fā)、更新防控疫苗及診斷技術，研制的禽流感疫苗在中國及越南、印度尼西亞、埃及等“一帶一路”國家應用超3000億羽份，提高了我國在動物流感防控研究方面的國際地位和影響力，為全球動物流感防控提供了監(jiān)測、研究平臺與技術保障。